Родился и вырос в Москве. В 1995 году закончил экономический факультет Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова по специальности «Экономическое и социальное планирование».

С 1992 года работал сначала в Институте народнохозяйственного прогнозирования РАН, затем в консультационных и аудиторских компаниях, специализируясь на вопросах налогообложения. Читал курс лекций по налоговому планированию студентам магистратуры экономического факультета МГУ. С 2006 года – партнер компании PricewaterhouseCoopers.

В 2013 году создал и возглавил Центр налоговой политики экономического факультета МГУ.

В 2017 в составе авторского коллектива среднесрочной программы социально-экономического развития РФ до 2035 года «Стратегии роста» Кирилл Никитин стал лауреатом премии «Экономист года».

Входит в состав Генерального совета общероссийской общественной организации «Деловая Россия», возглавляет Комитет по налоговой и бюджетной политике.

Автор ряда научных и сотен публицистических работ по налоговой тематике, регулярно выступает в качестве эксперта в федеральных СМИ, а также на крупнейших экономических форумах.

Профессиональная и общественная деятельность Кирилла Никитина направлена в первую очередь на защиту законных прав и полномасштабный учёт интересов добросовестных налогоплательщиков, повышение эффективности бюджетных расходов и максимизацию их социально-экономического эффекта.

В политических партиях не состоит, но принимает активное участие в общественно-политической жизни Москвы. Выступал за обеспечение достоверности учета мнения жителей и подведения результатов голосования через систему «Активный Гражданин» и через МФЦ при обсуждении программы реновации.